真核轉錄組測序(RNA-seq)是指利用新一代高通量測序技術,全面、快速地研究真核生物細胞或組織在特定狀態下幾乎所有轉錄本(包括mRNA、rRNA、tRNA及non-coding RNA等)的序列信息和動態表達信息,從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、RNA編輯、單核苷酸變異,鑒定可變剪切與融合基因以及發掘新基因等。
轉錄組是連接基因組和蛋白質組的紐帶,是揭示生物各項生命活動規律、發現致病基因關鍵靶點等研究的最佳手段,目前已廣泛應用于生命科學基礎研究、臨床診斷與藥物開發等領域。
構建鏈特異性文庫,經過測序后的數據分析可以確定轉錄本來自于正義鏈還是反義鏈。與普通文庫相比,能夠更準確的統計轉錄本的數量,確定基因結構,同時還可以挖掘新的ncRNA與反義轉錄本,為基因表達分析提供了有力的支持。
技術路線
技術參數-
服務名稱 |
測序策略 |
推薦數據量 |
測序周期 |
真核轉錄組測序 |
HiSeq PE150 |
6-12G |
40個工作日 |
樣品要求
1. 總RNA量≥3μg,濃度≥100ng/μL。
2. OD260/OD280在1.8-2.0之間,RNA無降解、28S和18S核糖體RNA條帶非常亮且清晰(其大小決定于用于抽提RNA的物種類型),28S的密度大約是18S的2倍;Aglient 2100檢測儀分析RNA完整性數據RIN ≥ 6.5;無蛋白質、基因組DNA污染,如有污染請去蛋白并進行DNase I處理。